чтобы джаваскрипт срабатывал, надо поставить в хтмле
<param name="allowScriptAccess" value="always" /> в теге оджект и allowScriptAccess="always" в теге эмбед.
но мне кажется это всё равно не поможет.
при установе стартовой страницы джаваскриптом, броузер должен выдать предупреждение, мол хотите вы поставить эту страницу или не хотите. и результат вашего ответа вернуть скрипту. мне кажется это из флэша работать не будет.
я бы выписал всю функцию установки стартовой страницы в хтмле, а из флэша только вызвал бы её.