при чтении очень многих вопросов вспоминается анекдот про петуха, который гонится за курицей, знает что не догонит, но всё равно бежит из соображений "не догоню, так хоть согреюсь". если хочется просто согреться, то дальше не читай. ну а если курицу охота догнать, то
а. сделай мувик с квадратиком и твинингом альфы от 100 до 50 со стопами в начале и в конце. (если квадратик до 0 должен дойти, стало быть твининг делай до 0, а в середине твининга сделай ключевой кадр)
б. в основной сцене возьми любое значение count (хоть рэндомное) и циклом размести на сцене count штук квадратиков любых размеров, цветов, координат и т.д. последовательно нумеруя инстансы
в. сделай массив длинной count, куда будешь сохранять уже проигранные/непроигранные квадратики единственным флагом
д. напиши функцию рэндомного выбора из числа непроигранных пока квадратиков и запуска их твининга с внесением изменения флага в массиве
г. один раз запусти функцию из основной сцены и в коде квадратика запускай её из кадра, соответствующего альфе = 50.
всё. зачем программно альфу-то менять? ну надо программно, напиши функцию в коде мувика с квадратиком. станешь запускать её для каждого инстанса (так ты от числа квадратиков на сцене отвяжешься). Зачем квадратик программно рисовать? Ну если так хочется, рисуй его в первом кадре мувика будующего квадратика. Основная твоя ошибка в том, что ты свойства и функции объекта в главной сцене пишешь. Пиши их в каком-то мувике, а потом его аттачь в сцену любое число раз и каждый приаттаченый будет уже в себе иметь все необходимые прибамбасы

нет, ну можно пойти дальше, и написать класс. тогда всё вообще будет красиво, правильно и объектно-ориентировано. но проще всего не заморачиваться и сделать по пунктам а-г (если рассматривать конкретную прикладную задачу в которой нужны только квадратики с однотипными свойствами. вот если бы там ещё были кружочки и треугольнички, причём кружочки при достижении альфы=50 меняли бы цвет, треугольнички масштабировались в 0, а квадратики продолжали становиться более прозрачными до полного исчезновения, тогда наследование свойств и пр фигня)