ты хочешь удалить все клиппы из массива? или просто снести массив? (во втором случае мувики остануться)
случай один

Код:
function deleteMovieFromArray(target:Array):Void {
for(var i:Number=0;i<target.length;i++) {
for(var j:Number=0;j<target[i].length;i++) {
target[i][j].removeMovieClip();
}
}
}
//использование, представим что myArray наш двухмерный массив
deleteMovieFromArray(myArray); // удаляем мувики
delete myArray; // удаляем ссылку на массив
второй способ просто последняя строчка верхнего кода

Код:
delete myArray; // удаляем ссылку на массив