[styx]

Если пользователь открывает флешку через http:, то и файл должен быть доступен по этому протоколу. Сетевое окружение к протоколу http: не имеет никакого отношения, поэтому нужно сделать, чтобы этот файл был виден через http-сервер. А уж через виртуальную директорию или как - Вам решать. Однако имейте в виду, что в любом случае файл вначале скачается на компьютер пользователя, потом браузер спросит, что с ним делать - и только тогда откроется (в случае с .msi).