Думаю что что то в этом духе навскидку

Код:
var numCubes:Number = 15;
var numColumns:Number = 3;
var margin:Number = 10;
//
var arr:Array = new Array();
//
var a = -1;
for (var i = 0; i<numCubes; i++) {
if (i%(numCubes/numColumns)) {
} else {
a++;
arr.push([]);
}
_root.attachMovie("mc", "mc"+i, i);
var m = _root["mc"+i];
m._y = Math.floor(i/(numCubes/numColumns))*(m._height+margin);
m._x = (m._width+margin)*(i%(numCubes/numColumns));
//
arr[a].push({x:m._x, y:m._y});
}
//