такой способ тут однажды обсуждался:в самом setInterval создаем массив, где и храним все запущенные интервалы,
добавляем метод очищающий все интрвалы из этого массива

Код:
// Переписываем setInterval
_global.setInterval = function () {
if (!_global.setInterval.interval) {
_global.setInterval.interval = [];
_global.clearIntervalAll = function () {
for (arg in _global.setInterval.interval) {
clearInterval (_global.setInterval.interval[arg]);
}
};
}
_global.setInterval.interval[_global.setInterval.interval.length] = ASnative (250, 0).apply (_global, arguments);
};
//запускаем
setInterval (function () {trace ("U " + getTimer ())}, 500);
setInterval (function () {trace ("U2 " + getTimer ())}, 100);
//по клику очищаем все
onMouseUp=function(){
clearIntervalAll();
}