Сам swf по сути прозрачен, только вот у автономного плеера прозрачности нет, поэтому он и использует фон bg который прописан в swf . Ведь если загрузить несколько мувиков на разные уровни, _level0.... levelN, то будет испольлзоваться тот bg фон, который указан в swf файле находящимся на _level0, остальные будут игнорироваться, и остануться прозрачными. А в браузере вообще плеер не обращает внимания то,какой bg фон прописан в самом swf , он берет фон из параметров прописаных в html, и если там ничего не прописано, то какой бы фон не был у самого swf, в браузере фон флэшки будет использоваться по умолчанию (белый).
