[wvxvw]

Для чего нужно централизовать код? - для того, чтобы с ним было удобнее работать, случаются, например, просто синтаксические ошибки, а искать их если код разбросан неизвестно где - очень долго и не приятно.
LoadMovie (как и синтаксис on(event)), это все пережитки АС1, не рекомендуется их использовать, с лоадМуви причина очевидна - нет возможности отследить процес загрузки (на самом деле, конечно есть, но прийдется реализовывать самому, в то время как у MoviClipLoader'a это встроенная возможность).

Что касается навигации - 1 клип содержащий навигацию (не понимаю зачем нужно больше) + 1 клип - контейнер для содержимого. Правда, я думаю, что и содержимое можно как-нибудь систематизировать, чтобы было возможно использовать общие элементы. Самое логичное - составить схему того, что должно отображаться в каждом разделе и в соответствии с этим генерить из "общих" элементов нужную "картинку".
Не вижу никаких проблем в том, чтобы по-разному отображать кнопку по которой уже 1 раз кликнули и ту, по которой еще нет.