[_bkt]

Я тоже с таким сталкивался, бывает "бздыки" у флеша, да и не только (самый ужасный глюк для меня это когда проект не открывается).

Я думаю это связано с неправильной обработкой алгоритмов вывода графики.

Попробуй нарисовать что-то сложное, пусть точки появятся, сохрани файл, выйди из флеша, опять открой этот проект, если они исчезают, то причину читай выше, а если нет, то надо разбираться подробнее.

Удачи.