По собственному опыту скажу, что лучше во флэш импортировать самый качественный исходиник и уже в нем его перекодировать. Меня пару раз спасало. Именно от щелчков в конце фрагментов. Щелчки происходят при резком изменении уровня громкости. Я тоже как-то спрашивал, но мне никто не ответил( видимо именно по звуку тут мало спецов).
