[kruasan]

Если речь идет о тысячах сраниц, то наверное имеет смысл переложить поисковую работу на сторону сервера.
Но, какой бы там ни был сам алгоритм поиска, первое и главное что нужно сделать - организовать навигацию по сайту так, что-бы в любой раздел можно было попасть по id. Это, кстати, снимет и целый ряд вопросов, связанных с созданием истории(back/next), html-линков на разделы нашего флешового сайта, всяких там альтернативных меню.