[Plekhanov]

File>Publish Settings... птичка на Windows Projector (*.exe), потом File>Publish - получишь exe-шник...

Ссылки делать просто... Не указывай букву драйва. Например, вместо a:\JPG\viewer.exe, напиши JPG\viewer.exe. Буква драйва и весь предыдущий путь подставится системой автоматически. Например, если ты запусти свой флэш из c:\aaa\ddd\sss\myflash.exe, и тебе надо сослаться в нем на c:\aaa\ddd\sss\jpg\viewer.exe..., то пиши в своем флэше jpg\viewer.exe.
Ну? И какая разница где ты запустился!!!

А по Autorun Pro Enterprise могу помочь разобраться конкретно... Прога простенькая, но мощная... Я на ней два продукта серьезных сделал...