[drwhite]

Да тут вообще подводных камней немеряно:
Publish Settings: Access
«Паразитные» пробелы, переводы строк всякие;
useCodepage, опять-таки, в частности, при передаче кирилицы,
и еще чего-то там уже не помню есть коварное.

А на счет настроек апача — php-фалй либо интерпретируются либо нет,
и если нет, то флэш и получит все как есть начиная с "<?php"