[Infectedcell]

Я наверное неправильно пользую swapDepths

нет.. пользуешь правильно.
но вот фрагмент кода ты какой то указал корявый.
Если показываешь фрагмент с "i", значит, возможно, где то юзал ФОР или что то еще.
Может у тебя там клипов 1500 штук, а ты делаешь swapDepths на 1000
Вот мой тебе вариант, сходу. Не тестил, если что, поправишь сам.

for (i=0; i<100;i++){
  var allMC = clipsholder.attachMovie("Clip",""Clip"+i,i);
  allMC._x = Math.round(Math.random()*100);
  allMC._y = Math.round(Math.random()*100);
  if (i>=99){
    var fxs = clipsholder.attachMovie("effect","effect",100)
  }
}

или замени

if (i>=99){
    effect.swapDepths(100);
}

Вообщем делай свой swapDe... на событие, типа, если что то случилось, тада мой кдип "эффект" делает что то...