Это потому что сначала плеер пройдет цикл и только потом он вернеться к обработчикам событий(это видно в дебагере)...

Код:
for (counter = 1; counter <= 3; counter++) {
_root.imageNum["imgBut" + counter].onRelease = function () {
for(counter2=1;counter2<=3;counter2++){
_root.galleryLoader.loadClip (counter2 + ".jpg", _root.galleryImages);
}
};
}
Не очень красиво, но работает...