Все работает в FF. Вся трудность с getElementById в том, что одному надо броузеру надо достучаться до object, а другому до embed, а id должен быть уникальным. То есть либо определять броузер, либо использовать flash satay или swfobject, тогда id останется только один.
Код:
var so = new SWFObject( "headers/header.swf" , "welcome", "733", "157", "8", "#FF7E00");
..и getElementById работает нормально.