Пхп передает строки, строки и только строки. Поэтому нужно преобразовать двухмерный массив в строковую последовательность. Допустим было:

Код:
1,2,3
4,5,6
Делаем

Код:
1,2,3/4,5,6
После получения такой строки, разбиваем на массив помощью метода split.
Пример:

Код:
//// полученная строка
var str:String = "1,2,3/4,5,6";
//// конечный массив
var array:Array = new Array ();
//// разбиваем на первый уровень
var arrayA:Array = str.split ("/");
//// разбиваем на второй уровень
for (var i:Number = 0; i < arrayA.length; i++) {
array[i] = arrayA[i].split (",");
}
//// результат
trace (array[0]);
trace (array[1]);