при использовании dublicate можно задать ему сразу depth на котором он будем...
чтобы был под твоим основным поидее можно попробовать задать глубину вот так:

Код:
yourMC.getNextHighestDepth() - 2;
т.е.

Код:
yourMC.duplicateMovieClip("newName", yourMC.getNextHighestDepth() - 2);
PS: А вообще для отладки запускаешь этот код и смотришь кто и где находится..

Код:
for (var i in this) {
if (typeof (this[i]) == "movieclip") {
trace("movie clip '"+this[i]._name+"' is at depth "+this[i].getDepth());
}
}