сам недавно этим занимался...
итак:
1. скорее всего придется всю структуру переделывать. а именно: все "части" сшивать вместе(в том числе и все динамически подгружаемые картинки итд).
2. компилировать не в swf, а в exe. ну т.е. прожектор сделать. вот именно из-за этого могут возникнуть проблемы, если презнтация будет раздроблена. не факт, конечно, но глюки разные возможны.
3. если нада, сделать полноэкранный режим. в первом кадре написать

Код:
fscommand("fullscreen", true);
4. по поводу авторана: создаешь файл "AUTORUN.INF". в нем пишешь

Код:
[autorun]
open=present.exe
icon=present.ico
, где "present.exe" имя презентации.
еще неплохобы сворганить какую-нить иконку. чтобы при запуске диска все выглядело прилично.
5. для записи на диск надо мин. 3 файла: сама презентация, иконка и AUTORUN.INF. все они должны лежать в корне диска.
вот вроде и все... если че непонятно, спрашивай, не стесняйся
