Желательно явно удалять как сам клип, так и любые ссылки на него, в том числе и внутри других объектов взаимодействующих с клипом.
Пример:

Код:
var foo:MovieClip = _root.attachMovie("foo", "foo", 0);
for(var i in _root){
if(typeof(_root[i]) == "movieclip"){
_root[i].removeMovieClip();
}
}
trace(i+" "+typeof(_root[i])); //output: foo movieclip
delete foo;
trace(i+" "+typeof(_root[i])); //output: foo undefined
delete i;
trace(i+" "+typeof(_root[i])); //output: undefined undefined