[iNils]

Попробывать указать все пути к классам. В строке Eclipse есть параметр "-cp C:\WORK\ECLIPSE_WORKSPACE\flashos\src" которого нет в FD.
Надо зайти в свойства меню Project, вкладка Classpaths и посмотреть какие пути стоят для классов проекта и глобальные пути.