Блин, ну я уже не знаю что делать. Начались тупые пляски с бубном. Упростил пример, убрал лишнее, оставил только задействованый код. Выкладываю сюда.
Уважаемый iNils, не могли бы вы открыть проект в вашем FlashDevelop-е, и сказать какой лог в результате у вас?
Обратите внимание на то, что в giperTraceRecurse() условие

Код:
if(typeof(o)!='movieclip' || _checked_[o._target] ) return;
не даст печатать путь для объектов, не являющихся мувиклипами. Следовательно, появление строк [object Object] - это перечисление таких странных мувиков, у которых отсутсвует this?
Так же обратите внимание, что в onLoadResourceMovie() после выполнения в команды

Код:
// Копирование мувиклипа из ресурсов
scopeRef.resource.mcCellCommandPlayer.duplicateMovieClip("commandplayer0",15);
количество строк [object Object] в логе на единицу больше. То есть функция duplicateMovieClip() нормально скопировала мувиклип (а не объект). Однако, для этого мувика размещение всеравно неопределено раз вместо пути печатается [object Object].
Еще один момент - если скомпилированный swf открыть во Flash IDE и посмотреть Object List, то все мувиклипы видны (оставил в листинге только мувики)

Код:
Level #0: // кстати _level0 то же мувиклип, см. список мувиков в первом посте
Movie Clip: Frame=1 Target="_level0.resource"
Movie Clip: Frame=1 Target="_level0.resource.mcCellCommandPlayer"
Movie Clip: Frame=1 Target="_level0.resource.mcCellEnemyPlayer"
Movie Clip: Frame=1 Target="_level0.resource.mcCellBall"
Movie Clip: Frame=1 Target="_level0.resource.commandplayer0"
То есть возможно, все мувики нормально создаются, а метод giperTrace() в FlashDevelop по каким-то причинам не может нормально распечатать их местоположение. Да, видимо трабла в giperTrace()... Но почему тогда в Eclipse этот код работает нормально? И как его исправить?