Вот жеж, никогда бы этот вопрос не решил, спасибо!
Метод исправления выбрал такой - в каталоге куда установлен FlashDevelop находим подкаталог Library\org\flashdevelop\utils. Там будет лежать файл FlashOut.as. Заменяем его содержимое на
Код:
class org.flashdevelop.utils.FlashOut
{
static function trace(msg:Object)
{
if(typeof(msg)!='movieclip')
fscommand("trace", msg.toString());
else
fscommand("trace", msg);
}
}
И трассировка начинает работать правильно.