В хтмл это называется не слои, а z-index. Z типа координата глубины. И Вам надо поместить объект флэш над всеми другими, сделать ему прозрачный background и всё. Просто страницу под флэшкой надо правильно собрать, чтоб "закрашенная" часть флэшки (меню первого уровня) смотрелась четко как часть всей страницы. Остальная часть флэшки, достаточного размера для отображения выскакивающих субменюшек, должна быть прозрачной, и под ней могут быть любые элементы страницы, кроме интерактивных, с которыми всё не просто
