[Molecula]

Потому что генератор или движок не "подгребает" ссылки из ХТМЛь в СВФ.

Вам нужно сделать трепанацию черепа СВФ, посмотреть что там, вшить ссылки на мувики, зашить и сгенерировать заново.

Почитать доки на pdf2swf, может там есть лозейка.