[LinuxVideo]

> скажем, за 20 сек. А в двумерном - 5 пикселей. И у меня он пролетает за 1 сек

Так изометрия, или перспектива? Вы уж определитесь сначала.
Если изометрия - все расстояния равны.
Если перспектива - вдалеке все медленно, а рядом с камерой - близко

Если персонаж должен двигаться с равной скоростью, то это изометрия. На вход функции трансформации будет 400 точек, на выходе 5 точек. Между ними будет куча ответов вроде 2.9837453677, которые тоже надо использовать, а не пропускать. У вас же похоже использованы только 2 точки, вот персонаж и ходит по экранным координатам, делая 5 шагов. Если так охота оптимизации, и точно знаете, что изометрию не променяете, то меряйте как и сейчас, потом 5 пикселей делите на 400 шагов, и за 400 шагов смещайте его по 0.0125 пикселя. Ну или с таймерами химичте, чего ближе.