Ладно, на самом деле как управлять шириной мувика я разобрался.
Действительно у лоадера размерами управлять не получается.
Нужно получать контент лоадера как мувиклип:

Код:
loader.contentLoaderInfo.addEventListener(Event.INIT,onLoadMovie);

Код:
private function onLoadMovie(e:Event):void
{
var movie:MovieClip = loader.content as MovieClip;
movie.width=650;
movie.height=350;
this.addChild(movie);
}
Однако проблема с размерами сцены не решилась