[UnVisible]

Вот тебе функция которая убирает ХТМЛ и ПХП теги:
strip_tags($text);
Ну а далее, если ты уже решил занести в базу (хотя первый раз слышу чтобы так делали =), лучше наверно будет через explode(' ',$file_content),
или сразу прочитать файл как массив, потом фильтрануть его на уникальность слов, чтобы не повторялись.
Потом занести это дело в базу с полями типа: ID | WORD | URL_PAGE | PAGE_NAME
При заносе следующей страницы проверять нет ли такого слова уже в базе запросом типа SELECT id WHERE word LIKE '%'.mysql_escape_string($word).'%'
Вот и все =)

ПРи поиске, берем текст что ввел клиент, делаем с нево масив слов и генерируем запрос и получаем результат! =)