[Pieson]

Понимаю, что решение несколько запоздало, но может, кому пригодится:

Данная проблема связана с параметром wmode. Если установлен wmode=transparent или opaque, то IE, рассматривает флэшку как часть своего окошка, т.е. перехватывает все события от неё.

Решение: wmode=window