Мне кажется, что ты неправильно задал размеры вьюпорта. И вот этот фрагмент кода я не совсем понимаю:

Код:
container = new Sprite();
addChild(container);
container.name = "mainCont";
container.x = 200;
container.y = 200;
scene = new Scene3D(container);
Если ты присмотришься, то объекты исчезают, если они полностью выходят за разумные пределы видимости. В твоем случае можно даже видеть грань между стеной и полом не видя пола, что довольно подозрительно. Центр твоей камеры не находиться в центре экрана.
Мой совет тебе - распиши подробней свой код через viewport.
UPD: Стандартные размеры вьюпорта:

Код:
public function Viewport3D(viewportWidth:Number = 640, viewportHeight:Number = 480....
Чтобы центр твоей камеры находился в центре квадрата нужно сдвинуть контейнер по х на 320 и по у на 240. а не на 200 и 200. Но лучше подробно распиши через вьюпорт задав ему размеры 200 на 200.