Сами классы компиляться, поэтому проблема видимо кроется в том, что трейсы из классов без Always Compile посылают либо абсолютный, либо относительный путь с учетом имени проекта.

Код:
org.flashdevelop.utils.FlashConnect.mtrace("B", "B::B", "oano\\src/B.as", 4);
А с Always Compile только с учетом имени папки с классами.

Код:
org.flashdevelop.utils.FlashConnect.mtrace("B", "B::B", "src/B.as", 4);
Но как это влияет на вывод, я не знаю. Поэтому не бог
