Скомпилировать классы в SWC и подключать как ресурс. (если пакет менять не предполагается)
или
оформить в MXML компонент

Код:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<mx:Application xmlns:mx="http://www.adobe.com/2006/mxml"
backgroundGradientColors="[0xFFFFFF, 0xAAAAAA]"
horizontalAlign="left"
verticalGap="15"
horizontalGap="15"
applicationComplete="appComplete();">
<mx:Script>
<![CDATA[
import org.wvxvw.flextest.Test;
private function appComplete():void {
this.addChild(new Test());
}
]]>
</mx:Script>
</mx:Application>

Код:
package org.wvxvw.flextest
{
import mx.core.UIComponent;
public class Test extends UIComponent
{
public function Test()
{
super();
this.graphics.beginFill(0);
this.graphics.drawRect(0, 0, 100, 100);
this.graphics.endFill();
}
}
}
Только чур ногами не пинать =)
Это даже не пример, это просто чтобы какое-то направление дать, так делать не надо =)