[crazyone]

Мучиться не пришлось, но прийдется, если работать с этим кодом дальше.
И да, мне кажется, что у вас проблема с InstanceManager.getNextDepth(), который, скорее всего, не предназначен для огромного числа мувиклипов.
А может и еще где-нибудь. Копайтесь в вашем коде, вычисляйте, какой кусок занимает много времени.