[wvxvw]

Создавать функции внутри функций - плохо, на то есть много причин.
Есть для этих целей класс mx.utils.Delegate он специально предназначен для делегирования (передачи) объекта в области видимости которого будет выполнена функция этой функции.
Кроме того, переделывать ХМЛ в другую структуру, будь то массив или объект - в 99% случаев абсурдное занятие, которое только занимает время и ресурсы. В общем случае, либо используйте так, как есть, либо если очень сложная структура - есть XPath, есть и в mx пакете, и есть альтернативный вариант.
Ну и вот это - ну, как бы вообще не серьезно:

menu_db.push({	ur:shortcut.childNodes[j].attributes.ur, 
			caption:shortcut.attributes.name, 
			link:shortcut.attributes.link, 
			subnav_db:submenu_db});

Почему нельзя было так?

menu_db.push(shortcut.childNodes[j].attributes);

Кроме всего прочего, перебирать в цикле ХМЛ таким вот образом:

while(xml.childNodes[i].childNodes[i].childNodes[i].childNodes[i]...)

Во-первых нечитаемо, а во вторых создает лишнюю нагрузку, т.е. логично в таком случае поступить так:

var xn:XMLNode = xml.childNodes[i].childNodes[i].childNodes[i].childNodes[i];
while(xn.childNodes[i]...)