Это вроде должно помочь:
Код:
<div id="bgFlash" style="position: absolute; z-index: 1; height: 400px; width: 600px; left: 0; top: 0;">
Здесь фоновая флешка
</div>
<div id="topFlash" style="position: absolute; z-index: 2; height: 50px; width: 50px; left: 0; top: 0; margin-top: 50px; margin-left: 60px;">
Здесь вторая флешка
</div>