Только если заранее знать оффсет в байтах, на котором этот мувиклип находится и грузить байткод, а потом каким-либо образом разбирать. Но это слишком сложно и не уверен, что вообще возможно средствами AS3, да и архитектура swf-файла может быть сложнее, чем я представляю
Проще хранить в отдельных swf-файлах. Так делают, к примеру, разработчики ММОРПГ на флеш (конкретные примеры приводить не стану).