[firsoff]

проблему откопал (спасибо хелпу флексбилдера)

В PackageApplication.bat ищем строчку

call adt -package %SIGNING_OPTIONS% %AIR_FILE% %APP_XML% %FILE_OR_DIR%

и добавляем флаг [ -tsa none], чтобы все выглядело так:
call adt -package -tsa none %SIGNING_OPTIONS% %AIR_FILE% %APP_XML% %FILE_OR_DIR%