[Fergus]

Я все ж разобрался, правда не через BitmapData.draw(), но все-таки.

Итог такой: чтоб обратиться к цвету прямоугольника, его надо нарисовать. А сделать это можно так:

// создаем красный квадрат
// рисуем черный
var square:Shape = new Shape();
square.graphics.beginFill(0x000000);
square.graphics.drawRect(0, 0, 100, 100);
// и делаем цветокоррекцию с помощью ColorTransform
var colorTransform:ColorTransform = square.transform.colorTransform;
colorTransform.color = 0xFF0000;
square.transform.colorTransform = colorTransform;

addChild(square);