Чего-то я все равно не понимаю... а что вам мешает ваш документ класс так и оставить документ классом?
Т.е. прописать его в
<file-specs>
<path-element>C:\somewhere\MyDocumentClass.as</path-element>
</file-specs>
ЗЫ. То, что "валялось на сцене" нужно будет объявить / создать вручную, Флеш это может делать автоматически, а Флекс -- нет, потому что и сцены у него нет.