Я бы посоветовал использовать onPress, onRelease чтобы не было проблем с обработкой других кнопок (при нажатии на них происходило бы рисование). Для этого придется нарисовать "планшет", т.е. лист, на чем мы будем рисовать. В вашем случае проблема была в том, что вы создавали клипы для линий, а рисовали всеравно в главном (mc).

Код AS1/AS2:
var lineCount:Number = 0;
var lineColor:Number = 0x9999FF;
var planshetColor:Number = 0xFFFF00;
var penUp:Boolean = false;
var planshet_mc:MovieClip = drawPlanshet(container);
function drawPlanshet(target_mc:MovieClip):MovieClip{
var mc:MovieClip = target_mc.createEmptyMovieClip('mc', target_mc.getNextHighestDepth());
mc.useHandCursor = false;
mc.beginFill(planshetColor);
mc.lineTo(Stage.width, 0);
mc.lineTo(Stage.width, Stage.height);
mc.lineTo(0, Stage.height);
mc.lineTo(0,0);
mc.endFill();
return mc;
}
planshet_mc.onPress = function() {
penUp = false;
lineCount++;
this.createEmptyMovieClip("inLine" + lineCount, this.getNextHighestDepth());
this['inLine' + lineCount].moveTo(_xmouse, _ymouse);
this['inLine' + lineCount].lineStyle(5, lineColor);
};
planshet_mc.onMouseMove = function() {
if (!penUp) {
this['inLine' + lineCount].lineTo(_xmouse, _ymouse);
updateAfterEvent();
}
};
planshet_mc.onRelease = function() {
penUp = true;
};
function undo(){
planshet_mc['inLine' + lineCount].removeMovieClip();
lineCount--;
}
undo_btn.onRelease = undo;