оно и должно срабатывать: когда мы наводим мышь на clip2, с clip1 она же уходит..
как вариант можно эту ситуацию отслеживать и не делать ничего в этом случае:

Код AS1/AS2:
clip1.onRollOut = function() {
if(clip2.hitTest(_root._xmouse, _root._ymouse, true)) return;
clip2.onEnterFrame = function (){
if(clip2._alpha >0){
clip2._alpha -=10;
}
else {
clip2._alpha = 0;
delete this.onEnterFrame;
}
}
}