Чтобы flash объект мог позиционироваться относительно слоев необходимо задать значение параметра по WMODE равным Opaque или Transparent.
Код:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://www.adobe.com/go/getflashplayer" width="380" height="110">
...
<param name="wmode" value="opaque" />
...
</object>
См. пример в архиве.
При публикации ролика в редакторе flash значения аттрибутов wmode можно задать в окне "publish settings" см. скриншот.
И чтобы избежать проблем с отображением flash-ролика в IE на страницу его лучше вставлять используя javascript сценарий AC_RunActiveContent.js.