[KidsKilla]

Например, подставить результат в хидден-поле и засабмитить форму.
кстати, у формы есть такая штука как массив .elements,
а у инпутов -- свойство .form -- указатель на родительскую форму.
т.е. скрипт проще переделать так:

<form action="/mail_script.php" onsubmit="f(this);">
<input type="hidden" name="total_checked" value="0"/>
<input type="checkbox" name="" value="123" />
<input type="checkbox" name="" value="456" />
<input type="checkbox" name="" value="789" />
<input type="submit" value="отправить"/>
</form>
<script type="text/javascript">
function f(form) {
	var elts = form.elements;
	var count = 0;
	for(var i in elts) {
		if (elts[i].type == "checkbox" && elements[i].checked) {
			++count;
		}
	}
	form.total_checked = count;
}
</script>

ПС, коды оформите тэгами [code][/code]