либо тупо делать копии узлов в нужные категории,
либо создавать что-то типа индексации (либо в разных документах либо в одном)

Код:
<node>
<company>
<node id="1" label="организация" meta="доски, гвозди" url=""/>
<node id="2" label="организация" meta="доски" url=""/>
<node id="3" label="организация" meta="колбаса" url=""/>
</company>
<category>
<node label="Доски">
<node cid="1"/>
<node cid="2"/>
</node>
<node label="Колбаса">
<node cid="3"/>
</node>
<node label="Гвозди">
<node cid="1"/>
</node>
</category>
</node>
соответствеено xml для tree придётся на лету варганить