FDT не только внешне тот же Eclipse, но и внутренне. Фактически, FDT - просто плагин для Eclipse IDE.
Ставите FDT через Software Update (я так понял, уже сделано).
Далее window -> show view -> other... -> выбираем FDT - радуемся, что видим layout для FDT
Чтобы создать проект, как обычно - File -> New project... - там будет FDT Flash Project, за точность названия не ручаюсь
P.S. А вот Flash Viewer из FDT у меня под MacOSX не работает
Флешка билдится, а Viewer вылетает...