Если честно, что-то не получилось.
Если вместо

Код:
function setFocusToApp()
{
// testFocus - имя приложения(главного MXML файла)
document.getElementById("testFocus").focus();
}
сделать

Код:
function setFocusToApp()
{
alert("hello");
document.getElementById("testFocus").focus();
}
то все работает. В чем может быть прикол?