[DarkLight]

Будут ли у меня проблемы, если в моей флеш игре будет звучать какая-либо копирайтнутая музыка

Если обладатели копирайта захотят - будут.

И что сделать, чтобы проблем не было?

Связаться с обладателями копирайта и попросить разрешения