[Роман Вадимович]

wmode=transparent "говорит" браузеру, что в Вашей флешке есть прозрачные пиксели, поэтому компьютер тратит больше ресурсов и времени на отображение каждого кадра.
Даже если видео убрать - Ваше приложение также будет тормозить, из-за расчета полупрозрачных пикселей.