[Alkaz]

1. если вы делаете "появление" с использованием альфы, то зачем тогда каждый раз перерисовывать графику? я имею ввиду что beginFill стоит внутри таймера.
2. переменная gr у вас меняется при пробеге цикла, последним ее значением будет _root["gr"+(len-1)] - по таймеру вы меняете прозрачность у переменной gr, соответственно только у последнего мувика ссылку на который мы ей присвоили. вот так примерно:

var Y:Number=360;
gr.beginFill(0xBB62E1, gr._alpha/2);
gr.lineStyle(2, 0xBB62E1, gr._alpha+50);
gr.moveTo(gr._x, Y-col/4);
gr.lineTo(gr._x, Y);
gr.lineTo(gr._x+30, Y);
gr.lineTo(gr._x+30, Y-col/4);
gr.endFill();
gr.onAlpha = function(){
	if(this._alpha<50){
		this._alpha+=11;
	}
}
setInterval(gr, "onAlpha", 100);

будет работать. но это все лучше все равно переписать
3. не забывайте сохранить свои таймеры чтобы потом их подчищать когда они больше не нужны:

gr.onAlpha = function(){
	if(this._alpha<50){
		this._alpha+=11;
	}
	else
	{
		clearInterval(this.timer);
	}
}
gr.timer = setInterval(gr, "onAlpha", 100);

4. я бы вообще наверное использовал один таймер в руте с пробегом по циклу и вызовом метода onAlpha у каждого мувика. по крайней мере проще контроллировать таймер.
5. я бы советовал отказаться от использования вложенных функций.