Не, вы чего-то не то поняли
Файловая система не понимает синтаксиса запросов типа GET - это значит, что она будет пытаться найти файл по имени skin.swf?skinvar=somevalue, в то время как сервер должен понимать запросы типа GET и будет искать файл по имени skin.swf и передаст ему параметр skinvar со значением somevalue.